首先需要进行开工前审计，即事前审计。开工前审计要对工程的审批文件、可研、招投标文件、施工合同等进行初步的审核，重点关注工程审批文件是否齐备，完整，真实合法；招投标文件是否合法，工程量清单是否准确，完整；合同价与中标价是否一致，是否明确付款比例和方式等。其次要进行跟踪审计，即事中审计。工程项目实施时审计人员要监督建设单位是否建立健全项目管理制度（如项目法人责任制度，监理制度，工程签证制度，设备采购制度，验收、出入库制度等），审核工程设计、材料等变更程序是否合规，变更手续是否齐全，变更内容是否真实，各项签证是否及时、完整、真实等。对工程分阶段分节点进行工程结算审计，在分阶段审计时，可以结合工程项目特点，对整个工程按施工顺序分为若干个阶段性工程，在分阶段完工后及时结算审计，并尽快出具审计意见。最后要进行竣工决算审计，即事后审计。决算审计的主要工作需要对工程造价真实性，工程预算的执行情况，工程财务核算是否真实，合法；工程款支付情况；工程质量评定情况；工程建设的管理情况及整体评价情况进行审计等。